Amazonię cechuje klimat równikowy, jest gorąco, wilgotno i deszczowo. Popołudniami często występują burze, a ulewne deszcze nawiedzają puszczę o każdej porze dnia. Od czerwca do października trwa pora sucha, kiedy to przez kilka dni może nie padać. I to właśnie najlepszy okres na podróż po Amazonii.