Pierwsze silniki wielopaliwowe powstały bardzo dawno temu, już w okresie poprzedzającym bezpośrednio drugą wojnę światową. Były to silniki z tzw. gruszami żarowymi, których rozgrzanie było konieczne do ich rozruchu. Miały one niewielki stopień sprężania, dzięki czemu mogły być zasilane w zasadzie każdą palną cieczą, z wyjątkiem alkoholi. Zasilano je olejem napędowym, naftą, próbowano zasilać także ciężkimi frakcjami ropy naftowej, a także różnymi rodzajami benzyny. Silniki te miały niewielką sprawność i szybko zrezygnowano z ich użytkowania i produkcji.
Nieco wcześniej firmy Hesselmann i Boghetto skonstruowały niezależnie od siebie silniki o zasilaniu wtryskowym, z zapłonem iskrowym, które były w pewnym sensie pierwowzorami dla silników, budowanych współcześnie i uznawanych za najnowsze osiągnięcia techniki motoryzacyjnej. Tamte silniki miały nad współczesnymi pewną istotną przewagę: mogły być zasilane oprócz benzyny, także znacznie tańszymi paliwami, a więc naftą a nawet najgorszymi gatunkami oleju napędowego. Charakteryzowały się one stosunkowo niewielkim stopniem sprężania, nie przekraczającym 1:10, dlatego do zapłonu paliw cięższych od benzyny wymagały również stosowania zapłonu iskrowego.
Zobacz także: Jak działa wtryskowe zasilanie silników o zapłonie iskrowym?
Po zakończeniu II wojny światowej kilka koncernów, w tym Barber-Texaco i Jalbert, próbowało stworzyć silnik uniwersalny, pracujący na wszystkich dostępnych wówczas paliwach. Ich wysiłki zakończyły się połowicznym sukcesem. Nie stworzono popularnego silnika wielopaliwowego, natomiast zainteresowało się tym tematem wojsko i jego konstruktorzy opracowali kilka różnych silników, spalających większość znanych paliw płynnych. Wojskowe rozwiązania techniczne są jednak tajne i ich poznanie nie jest na razie możliwe. Wiadomo jedynie, że silniki te mają, jak na silniki z zapłonem samoczynnym, których są mutacjami, niewielki stopień sprężania, rzędu 1:20, co powoduje, że do wystąpienia zapłonu jest konieczna iskra elektryczna.
Oprócz wojskowych, pojawiły się także rozwiązania „cywilne”, prawdopodobnie niewiele się od nich różniące. Jednym z pierwszych był silnik Meurera, zbudowany w oparciu o silnik MAN. Zastosowano w nim wtryskiwacze dwuotworowego oraz stycznego kanału dolotowego, co powoduje zawirowania zasysanego powietrza wokół osi cylindra. W każdym cyklu pracy następują w nim dwa zapłony: pierwszy typowy samozapłon po sprężeniu powietrza w cylindrze, do którego jest wtryskiwana niewielka ilość paliwa, oraz drugi, kiedy zapala się paliwo uprzednio wtryśnięte do cylindra i parujące przy ściankach w wirującym strumieniu powietrza. Silniki o takiej konstrukcji pracują na każdym rodzaju paliwa, nawet na wysokooktanowych benzynach.
Zobacz także: Koniec epoki diesla?
W pewnym sensie silnikiem wielopaliwowym jest każdy silnik współczesny, współpracujący z instalacją gazową, w którym do rozruchu jest wykorzystywana benzyna.